法律上是分开补偿。
宅基地(土地):对应土地补偿费、安置补助费,按省级公布的区片综合地价计算;
房屋:按重置成新价(重建同等房屋成本结合新旧折旧)补偿,包含围墙、地坪、树木、水井等地上附着物。
实务中很多地方协议把两项打包合计,务必看清协议明细,区分土地、房屋、奖励、补助各是多少。